Blekholmen i centrala Helsingfors södra hamn
På 1880-talet användes Mössenholmen söder om Westend som hemmahamn, men den ersattes senare av Blekholmsgrundet. Blekholmen är idag en av Helsingfors stads officiella gästhamnar och besöks årligen av ca 500 gästande båtar. Här finns också 120 båtplatser för medlemmarnas båtar.
Björkholmen i västra Helsingfors, genast väster om Drumsö
Sedan 1980 har NJK byggt upp en modern och välutrustad hemmahamn och ett aktivt seglingscenter på Björkholmen. Här får 200 kölbåtar plats vid bryggorna, lättbåtarna har ramper för upptagning och sjösättning och vintertid är ca 150 båtar upplagda här.
Tio skärgårdshamnar
Tack vare föreningens många skärgårdshamnar har långfärdsseglarna en egen hamn på dagsetappavstånd längs hela sydkusten.